Дата образования Санкт-Петербургского филиала ИЗМИРАНа — 1946 года.
Санкт-Петербургский филиал Института земного магнетизма, ионосферы и распространения радиоволн организован в 1946 г., после переезда Института под Москву (г. Троицк, Московская обл.). Научно-исследовательский институт земного магнетизма (НИИЗМ) был образован 11 октября 1939 г. в г. Ленинграде, однако история Института начинается с создания магнитной обсерватории в Санкт-Петербурге в 1829 г. В настоящее время в состав СПбФ ИЗМИРАН входят научно-исследовательские лаборатории, магнито-ионосферная обсерватория «Воейково», магнитная станция «Красное Озеро» и геофизическая станция «Лехта» (Организационная структура СПбФ ИЗМИРАН).